ถึงแม้ว่า รัฐธรรมนูญฉบับ 2540 พยายามที่จะเปิดโอกาสให้ ส.ส. ที่สังกัดพรรคมีอิสระในการปฏิบัติหน้าที่ โดยเฉพาะการไม่ต้องปฏิบัติตามมติหรือข้อบังคับของพรรคหากขัดหรือแย้งกับหลักการพื้นฐานแห่งการปกครองในระบอบประชาธิปไตยโดยมีสิทธิร้องขอให้ศาลรัฐธรรมนูญพิจารณาวินิจฉัยได้(มาตรา 47) แต่ในความเป็นจริงทางการเมือง หาก ส.ส. ท่านใดฝ่าฝืนมติของพรรค ย่อมถูกตรวจสอบในด้านพฤติกรรมว่าปฏิบัติตามระเบียบวินัยของพรรคหรือไม่ และโอกาสที่พรรคจะไม่ส่งลงสมัครในการเลือกตั้งสมัยหน้าก็มีสูงยิ่งขึ้น ซึ่งทำให้ ส.ส. เกิดความกลัวและปฏิบัติหน้าที่ราวกับหุ่นยนต์ที่ต้องปฏิบัติตามคำสั่ง
ปัญหาที่เกิดขึ้น กลายเป็นประเด็นสำคัญอีกประการหนึ่งในการยกร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ที่ต้องตอบให้ชัดว่า