ข้อตกลงขัดแย้งกับนโยบายของรัฐบาล
โดยเฉพาะนโยบายการเป็น Detroit of Asia
หากไทยยอมเปิดเสรียานยนต์และชิ้นส่วนกับญี่ปุ่น และ ขัดแย้งกับนโยบายประหยัดพลังงาน
เพราะในปี 2547รัฐบาลไทยขึ้นภาษีสรรพสามิตรถยนต์ขนาดใหญ่
เพื่อลดการใช้น้ำมัน
แต่ข้อตกลง FTAไทย-ญี่ปุ่นกลับส่งเสริมให้มีการใช้รถยนต์ขนาดใหญ่มากขึ้น
เพราะราคารถยนต์ขนาดใหญ่จะลดลงมาก
ทำให้ผู้ใช้รถยนต์ขนาดกลางหันไปใช้รถยนต์ขนาดใหญ่มากขึ้น