อย่างไรก็ตาม ทีมเศรษฐกิจชุดใหม่มีระยะเวลาการทำงานเพียง 1 ปี จึงควรจัดลำดับความสำคัญของงานโดยภารกิจสำคัญ คือ การฟื้นความเชื่อมั่นทางเศรษฐกิจ การจัดทำงบประมาณปี 2550 การแก้ปัญหาที่เกิดขึ้นจากนโยบายของรัฐบาลชุดก่อน และการตัดสินใจว่าจะดำเนินนโยบายที่ต่อเนื่องจากรัฐบาลชุดก่อนอย่างไร ซึ่งมีความท้าทายที่ต้องเผชิญในหลายนโยบาย อาทิ

นโยบายรัฐวิสาหกิจ แม้ว่าการพิจารณาคดีการแปรรูป ปตท.ยังอยู่ในการพิจารณาของศาล แต่สิ่งที่ท้าทาย คือ หากศาลตัดสินให้การแปรรูป ปตท.เป็นโมฆะ รัฐบาลจะรองรับผลกระทบที่จะเกิดขึ้นอย่างไร ทั้งการหาเงินมาซื้อหุ้นคืนจากภาคเอกชน และผลกระทบต่อการลงทุนในตลาดหลักทรัพย์ และสิ่งที่ต้องคิดต่อไป คือ แนวทางการบริหารจัดการรัฐวิสาหกิจควรจะเป็นอย่างไร เพื่อให้รัฐวิสาหกิจมีเงินลงทุนเพียงพอ มีการดำเนินงานที่มีประสิทธิภาพ และยังสามารถจัดบริการสาธารณูปโภคได้ในราคาที่เป็นธรรม

นโยบายการค้าระหว่างประเทศ สิ่งที่ท้าทาย คือ รัฐบาลจะดำเนินการเกี่ยวกับการเจรจาการค้าเสรีอย่างไรต่อไป โดยเฉพาะข้อตกลงการค้าเสรีกับญี่ปุ่นและสหรัฐอเมริกาที่ยังไม่ได้ข้อสรุป การยกเลิกหรือชะลอการเจรจาออกไปอาจส่งผลกระทบต่อความเชื่อมั่นของต่างประเทศที่มีต่อประเทศไทย อันเนื่องจากความไม่แน่นอนเชิงนโยบาย แต่หากดำเนินการต่อไปรัฐบาลจะถูกแรงกดดันจากภาคประชาชนอย่างรุนแรง ประการสำคัญคือ การกำหนดกติกาและกระบวนการเจรจาสำหรับการเจรจาต่อไปในอนาคตควรเป็นอย่างไร

นโยบายธุรกิจค้าปลีก รัฐบาลจะจัดการปัญหาห้างค้าปลีกข้ามชาติขนาดยักษ์ที่เข้าไปจัดตั้งในเขตชุมชนอย่างไร เพราะได้มีการลงทุนและเปิดกิจการไปเป็นจำนวนมากแล้ว หากรัฐบาลให้ยกเลิกการดำเนินการจะส่งผลกระทบต่อการลงทุนและความเชื่อมั่นของนักลงทุน หากจำกัดไม่ให้มีการลงทุนอีกจะเกิดความไม่เป็นธรรมระหว่างนักลงทุนรายใหม่กับรายเดิม และทำให้เกิดการผูกขาดของกิจการเดิมที่มีอยู่ แต่หากรัฐบาลกำหนดให้สามารถจัดตั้งกิจการได้ต่อไป รัฐบาลจะแก้ปัญหาของผู้ค้าปลีกรายย่อยได้อย่างไร